Humangewebe-Repository & Gewebeanalyse

Das Human Tissue Repository and Tissue Analysis Shared Resource (HTR-TASR) wird gemeinsam vom Krebszentrum und der Abteilung für Pathologie finanziert. Sie wurden eingerichtet, um die translationale Forschung der Fakultät im Cancer Center, der Abteilung für Pathologie, der School of Medicine und institutsübergreifend zu ermöglichen. Auf dieser Website werden die angebotenen Dienstleistungen und Kontaktdaten der HTR-TASR-Mitarbeiter beschrieben, die Sie über die Verfügbarkeit von Proben und alle Aspekte der Histologie und Molekularpathologie beraten können.

Zweck

Erleichterung der Beschaffung, Lagerung und Verteilung hochwertiger menschlicher Gewebeproben an UNM-Forscher zur Verwendung in wissenschaftlichen Untersuchungen unter Einhaltung angemessener ethischer, wissenschaftlicher und gesetzlicher Grundsätze und Vorschriften.

Wir nutzen die NCI Best Practices für Bioproben-Ressourcen als unser Führer.

Über HTR-Gewebe

Die gemeinsam genutzte HTR-Tissue-Ressource:

  • Kommt zukünftigen Patienten zugute, indem Forschern Zugang zu gut erhaltenem und gepflegtem Gewebe ermöglicht wird, das sonst möglicherweise nicht verfügbar wäre
  • Vorteile des UNM HSC durch Stärkung der Mission der Bereitstellung einer qualitativ hochwertigen Patientenversorgung durch die Förderung innovativer und klinisch wertvoller Forschung
  • Die ehrliche Maklerfunktion des HTR bei der Abgabe von anonymisierten Proben ohne die 18 persönlichen HIPAA-Identifikatoren schützt Forscher vor möglichen HIPAA-Komplikationen/-Verstößen

Das TASR bietet eine Vielzahl von histologische dienstleistungen, einschließlich Verarbeitung und Paraffineinbettung, Paraffin- und Gefrierschnitte, H&E-Färbung, IHC-Färbung, TMA-Konstruktion, Objektträgerdigitalisierung und Bildanalyse.

Zusammenfassung der HTR-TASR-Dienste für Förderanträge

Das Human Tissue Repository and Tissue Analysis Shared Resource (HTR-TASR) kann eine Reihe von Techniken durchführen und bietet eine Vielzahl von Dienstleistungen gegen Gebühr an.

Der HTR-TASR sammelt passendes Normal- und Tumorgewebe hauptsächlich aus übrig gebliebenen chirurgischen Abfallproben und lagert diese entweder gefroren oder als formalinfixierte, in Paraffin eingebettete (FFPE) Blöcke. Ermittler können die Gewebe anfordern, wobei Genehmigungen vom IRB (Human Research Protections Office) und dem Tissue Research Oversight Committee (TROC, ehemals SRC) erforderlich sind.

Der HTR-TASR kann auch eine Reihe verschiedener histologischer und molekularer Dienste bereitstellen, wie z Aperio Versa 200 und Bildanalyse mit der HALO™-Plattform (von Indica Labs, Hauptsitz in Albuquerque, NM).

Es stehen verschiedene Arten der Blutverarbeitung zur Verfügung, einschließlich der Leistung von Zellzahl und Lebensfähigkeit über das Nexelom Cellometer 1000.

Einige Forscher benötigen speziell präparierte Proben oder haben spezielle Anforderungen an die Proben. Für diese genehmigten Studien wird das HTR-Personal die Proben prospektiv sammeln und auf die Bedürfnisse der Forscher zugeschnitten verarbeiten. Darüber hinaus stehen einige molekulare Dienste zur Verfügung, wie DNA- und RNA-Extraktion, PCR und Real-Time-PCR. Mit dem Technischen Leiter und dem Betriebsleiter sollte ein Machbarkeitsgespräch vereinbart werden, um die gewünschten Dienstleistungen zu besprechen.

Um die Nutzung dieser freigegebenen Ressource zu bestätigen, fügen Sie bitte Folgendes in Ihre Veröffentlichungen ein:

Diese Forschung wurde teilweise vom UNM Comprehensive Cancer Center Support Grant NCI P30CA118100 unterstützt und nutzte das Human Tissue Repository and Tissue Analysis Shared Resource, das zusätzliche Unterstützung von der Abteilung für Pathologie der University of New Mexico School of Medicine erhält.

Kontakt HTR-Gewebe

Telefon: (505) 272-1127
E-Mail: gewebebank@salud.unm.edu
Fitz Hall Räume 306B und 306C
UNM HSC School of Medicine
Abteilung für Pathologie
MSC 08-4640
915 Camino de Salud, NE
Albuquerque, NM 87131

HTR-TA-Personal

Dennis McCance, PhDDennis J. McCance PhD

Forschungsprofessor, Pathologie

Wissenschaftlicher Leiter

Überwacht alle Aspekte der Ressource

Edgar Fischer, MDEdgar Fischer MD

Professor, Pathologie

Ärztlicher Direktor

Überwacht Qualitätskontrollaspekte der Ressource

Cathleen Martinez, PDCathleen Martinez PA

Technical Manager

Beaufsichtigt die technischen Aspekte der Ressource

Sadie La Bauve, PhDSadie La Bauve PhDve

Betriebsspezialist

Verwaltet die täglichen Aufgaben

Fred Schultz, M.AFred Schultz, M.A

Informatik-Management

Dienstleistungen für Histologie und Molekularpathologie

Gewebeverarbeitung und Paraffineinbettung oder Schockfrosten von Gewebe. Das Gewebe kann mit einer H&E-Färbung gefärbt werden oder ungefärbt bleiben.

Das Labor kann Gewebeschnitte mit Standard-Antikörpern unter Verwendung bereits vorhandener Protokolle färben. Alternativ kann das Labor Antikörper mit der VENTANA DISCOVERY-Plattform aufarbeiten, die mehrere Färbekombinationen ermöglicht, um die Färbeergebnisse zu optimieren.

HER-2 und ER Bild
Doppelfärbung für HER-2 und ER
HTR-Gewebe-Microarrays - e-Cadherin

Gewebe-Microarray-Design und -Konstruktion: Dies beinhaltet das Sammeln von Spender-Paraffinblöcken, das Auswählen der interessierenden Bereiche zum Kernen und das Platzieren der Kerne in einem leeren Empfänger-Paraffinblock. Die Vorteile liegen in Geschwindigkeit und Kosten, da mehrere Proben auf einem Objektträger beurteilt werden können. Der typische TMA enthält ungefähr 50 bis 200 Kerne mit einem Durchmesser von 0.6 mm bis 2.0 mm. Etwa 50 Schnitte können von einem TMA-Block erhalten werden.

 

(rechts: E-Cadherin)

Das HTR-TASR-Personal kann archivierte Gewebeblöcke aus dem UNM-Krankenhaus abrufen.

Dies umfasst normalerweise das Sammeln von überschüssigem oder restlichem Gewebe, das zum Zeitpunkt der chirurgischen Resektion übrig bleibt, nachdem diagnostische Proben für die mikroskopische Untersuchung durch den chirurgischen Pathologen entnommen wurden und genügend Proben in Paraffin für mögliche zukünftige Tests zur Patientenversorgung aufbewahrt werden. Das HTR-TASR-Personal wird die Gewebe im Grobdissektionsraum der UNM HSC Surgical Pathology sammeln. Derzeit führt die HTR keine Venenpunktionen durch, sondern speichert solche Proben auf Wunsch der Forscher.

HTR-TASR-Projektberater können pathologische und klinische Daten sammeln, die von HIPAA-Identifikatoren befreit und mit passenden Proben codiert werden.

Bildanalyse

Bilder von H&E- oder immunhistochemisch gefärbten Gewebeschnitten werden mit dem Digitalscanner Leica AT2 erfasst und in die Bildgebungs- und Annotationssoftware HALO hochgeladen.

Mit der HALO-Software können Sie das Gewebe (Tumor, Stroma, Muskel, Fett usw.) mit Anmerkungen versehen und dann Zellen zählen, die für das Protein Ihrer Wahl (Abbildung rechts) in jeder dieser annotierten Regionen positiv sind. Es ermöglicht Ihnen auch, die Wechselwirkungen der nächsten Nachbarn zu analysieren und zu quantifizieren.

Die Software enthält ein Werkzeug zum Erstellen von Figuren, mit dem Fotos von Bildern mit mehreren Feldern in Veröffentlichungsformaten einschließlich Referenzrahmen und Maßstabsleiste erstellt werden können

Quantitative Ergebnisse Bild

Diese Abbildung zeigt die Quantifizierung der Färbung für Ki67 bei Brustkrebs. Die obere linke Tafel zeigt die Gewebe-Mikroarray-Probe, die mittlere Tafel zeigt die Ki67-Färbung (braun) ohne HALO-Markup und die rechte Tafel zeigt dasselbe Bild mit HALO-Markup.

Das Markup zeigt eine geringe Färbung (gelb), eine mäßige Färbung (braun) und eine hohe Konzentration (rot) von Ki67 im Zellkern von Tumorzellen. Blaufärbung sind Zellen, die für Ki67 negativ sind. Die Software kann die Ki67-Färbung im Stoma des Tumors unabhängig zählen.

Die Tabelle zeigt eine Ablesung der Anzahl und des Prozentsatzes der Zellen in jeder Färbekategorie und das Histogramm zeigt die Verteilung der Färbung.

So beantragen Sie Proben

Kontakt Cathy Martínez or Sadie LaBauve planen.

Eröffnen Sie Ihr Konto in iLab:

  1. Navigieren Sie zu der iLabs-Anmeldeseite.
  2. Wählen Sie in der oberen rechten Ecke des Bildschirms Registrieren
  3. Füllen Sie das Registrierungsformular auf der Anmeldeseite aus.
  4. Erhalten Sie eine Willkommens-E-Mail von iLab mit Zugangsdaten und Anweisungen

Anfordern von Diensten in iLab:

  1. Erstellen Sie eine Bestellanforderung (PR) über Ihre Abteilung. Senden Sie die PR per E-Mail an Maria Sherman Bitten Sie darum, dass es unter Ihrem Labor im iLab-System hinzugefügt wird.
  2. Gehen Sie zum iLabs-Login
  3. Geben Sie oben rechts auf dieser Seite Ihren Benutzernamen und Ihr Passwort ein.
  4. Klicken Sie auf der Registerkarte „Service anfordern“ neben dem gewünschten Service (Human Tissue Repository vs. Molecular Pathology Services) auf „Anfrage starten“.
  5. Füllen Sie das Formular aus und geben Sie die Zahlungsinformationen für Ihre Anfrage an, bevor Sie die Anfrage an die HTR senden.
    1. Stellen Sie sicher, dass Projekttitel und TROC/HRRC/IACUC-Nummern mit denen auf Ihren Genehmigungsschreiben übereinstimmen.
    2. Geben Sie unter jeder Kategorie von Diensten die gewünschte Nummer ein und klicken Sie auf die Registerkarte „Ausgewählte Dienste hinzufügen“. Dienste werden am Ende des Formulars hinzugefügt.
    3. Verwenden Sie das Feld „Zusätzliche Informationen“, um alle wichtigen Details hinzuzufügen und alle relevanten Dokumente, wie beispielsweise eine Musterliste oder eine Orientierungsbeschreibung, anzuhängen/hochzuladen.
  6. Anfragen werden von der HTR geprüft, die alle erforderlichen Änderungen vornimmt und zur Genehmigung zurückschickt. Sie erhalten eine E-Mail von iLab bezüglich Ihrer aktualisierten Projektanfrage.
  1. Reichen Sie Ihren Vorschlag beim Tissue Research Oversight Committee (TROC) ein. Wenden Sie sich an Cassandra Misenar zur Orientierung in diesem Prozess.
  2. Sobald das TROC Ihren Vorschlag genehmigt hat, senden Sie das Genehmigungsschreiben mit Ihrem Antrag an die UNM Human Research Review Committee (HRRC) Institutional Review Board (IRB).

So navigieren Sie durch den IRB-Antragsprozess:

  1. Klicken Sie auf dem obigen Link auf die Schaltfläche "IRB klicken" auf der linken Seite
  2. Klicken Sie oben auf dem Bildschirm auf die Registerkarte IRB
  3. Klicken Sie links auf die Schaltfläche „Neue Studie erstellen“
  4. Füllen Sie das Formular aus
  5. Klicken Sie bei Frage #7 auf den Link, um zur Bibliothek zu gelangen, und wählen Sie das entsprechende Protokoll für Ihre Studie aus
    1. Wenn Ihre Studie nur anonymisierte Materialien erfordert, wählen Sie das Protokoll der Ausnahmekategorie 4 (HRP-582). *Hinweis: Anonymisiertes Abfallgewebe erfordert möglicherweise keine Zustimmung
    2. Wenn Ihre Studie keine Informationen über lebende Personen erfordert, wählen Sie Nonhuman Subject Research (HRP-585)
    3. Sie können eine beschleunigte Einreichung beantragen, wenn Ihre Studie nur Proben umfasst, die ausschließlich zu Nicht-Forschungszwecken gesammelt wurden (z. B. medizinische Behandlung und Diagnose).
  6. Senden Sie nach der HRRC-Zulassung über iLab eine Gewebeanforderung an die HTR. Sie werden Ihre SRC- und IRB-Genehmigungsschreiben hochladen und eine aktive PR im System haben.
  1. Kontaktieren Sie die HTR-TASR für eine Planungs-/Machbarkeitssitzung.
  2. Reichen Sie Ihren Vorschlag beim Tissue Research Oversight Committee (TROC) ein. Wenden Sie sich an Cassandra Misenar um eine Anleitung zu diesem Prozess zu erhalten.
  3. Sobald das TROC Ihren Vorschlag genehmigt hat, senden Sie das Genehmigungsschreiben mit Ihrem Antrag an das Institutional Review Board (IRB) des UNM Human Research Review Committee (HRRC) (siehe Anweisungen oben).
  4. Kontaktieren Sie die HTR-TASR für eine zusätzliche Planungssitzung (normalerweise erforderlich, um Details des Prozesses zu klären. Dieses Treffen umfasst die Einholung der Genehmigung des Abteilungsleiters für chirurgische Pathologie, um die Verfügbarkeit der Proben sicherzustellen und gleichzeitig die Einhaltung der nationalen Laborvorschriften und die beste Patientenversorgung zu gewährleisten.
  5. Wenn Sie nach Abschluss Ihrer Untersuchung noch Gewebereste haben, müssen Sie diese an die HTR . zurückgeben
  1. Sie müssen die Genehmigung des lokalen Human Research Review Committee einholen, wenn ein Teil des entnommenen Gewebes potenziell für Forschungszwecke verwendet werden kann.
  2. Der Abteilungsleiter für chirurgische Pathologie oder sein Beauftragter muss die Methode der Probenentnahme genehmigen, um sicherzustellen, dass ausreichend repräsentatives Gewebe für die klinische Versorgung erhalten bleibt

Maschinen

Standort der gesammelten Gewebe

(Enthält Archivgewebe von UNM und eine prospektive Sammlung für Forscher für spezifische Studien.)

  • Blase, Blut, Knochen, Knochenmark, Gehirn, Brust
  • Brustwand, Kolorektal
  • Membran
  • Gallenblase
  • Kopf und Hals
  • Niere
  • Leber, Lunge, Lymphknoten
  • Mediastinum
  • Omentum, Eierstock
  • Bauchspeicheldrüse, Penis, Bauchfell, Prostata
  • Speichel, Speicheldrüse, Haut, Dünndarm, Weichteilgewebe, Milz, Magen
  • Hoden, Thymus, Schilddrüse
  • Gebärmutter und Gebärmutterhals
  • Scheide/Vulva

Erweitertes Brustkrebsregister (EBCR)

Dies ist eine komplizierte Gewebeentnahme, die aus über 400 eingewilligten Patienten mit mehreren Zeitpunkten und Gewebearten besteht. Bei jedem Patienten wurden gesammelt:

  • Maximal 5 Serum-Aliquots/Teilnehmer/Sammlung (wie Baseline oder FUP-Zeit)
  • Maximal 10 Plasma-Aliquots/Teilnehmer/Sammlung
  • 10 DNA-Aliquots aus Vollblut/Teilnehmer/Sammlung
  • Maximal 2 DNA-Aliquots aus Mundwasser oder Tupfer/Teilnehmer/Sammlung
  • Brustgewebe (Feinnadelaspirate, Fläschchen und OCT-Formen) - alle Fälle sind unterschiedlich.

Bitte kontaktieren Sie die HTR-TASR für eine detailliertere Abfrage dieses Datensatzes.