Humangewebe-Repository & Gewebeanalyse

Die gemeinsame Ressource „Human Tissue Repository and Tissue Analysis“ (HTR-TA) wird gemeinsam vom UNM Comprehensive Cancer Center und der Abteilung für Pathologie unterstützt und verwaltet. Die gemeinsame Ressource HTR-TA ist zertifiziert durch das College of American Pathologists (CAP).

Die gemeinsame Ressource HTR-TA wurde eingerichtet, um die translationale Forschung der Fakultät des UNM Cancer Center, der Abteilung für Pathologie, der medizinischen Fakultät und verschiedener Institute zu unterstützen. Diese Website beschreibt die angebotenen Dienstleistungen und die Kontaktdaten der Mitarbeiter der gemeinsamen Ressource HTR-TA, die Sie zur Probenverfügbarkeit und zu allen Aspekten der Histologie und Molekularpathologie beraten.

Zweck

Die gemeinsam genutzte Ressource „Human Tissue Repository and Tissue Analysis“ (HTR-TA) unterstützt die grundlegende und translationale Krebsforschung, indem sie den Benutzern Tumorgewebe und passendes normales Gewebe entweder als gefrorene oder formalinfixierte, paraffineingebettete (FFPE) Proben zur Verfügung stellt.

Über die gemeinsam genutzte Ressource HTR-TA

Die gemeinsam genutzte HTR-TA-Ressource:

  • Kommt zukünftigen Patienten zugute, indem Forschern Zugang zu gut erhaltenem und gepflegtem Gewebe ermöglicht wird, das sonst möglicherweise nicht verfügbar wäre
  • Vorteile des UNM HSC durch Stärkung der Mission der Bereitstellung einer qualitativ hochwertigen Patientenversorgung durch die Förderung innovativer und klinisch wertvoller Forschung
  • Die Funktion des ehrlichen Maklers der gemeinsam genutzten Ressource HTR-TA bei der Abgabe anonymisierter Proben ohne die 18 persönlichen HIPAA-Identifikatoren schützt Forscher vor potenziellen HIPAA-Komplikationen/-Verstößen

Die gemeinsame Ressource HTR-TA bietet mehrere wesentliche histologische dienstleistungendarunter:

  • Gewebeverarbeitung und Paraffineinbettung,
  • Schnitte,
  • H&E-Färbung,
  • iImmunhistochemische und digitale Bildgebung und
  • Analyse gefärbter Schnitte sowie Lagerung und Freigabe von Gewebeproben.

Gewebe wird nach Einholung der entsprechenden Einwilligung entnommen. Die Gewebe werden in einer Datenbank gespeichert, die auch verknüpfte Informationen zum Patienten (z. B. Name, Geburtsdatum und selbst angegebene demografische Kategorien), zur Gewebequelle und Diagnose sowie zu weiteren Variablen enthält, darunter die Methode der Gewebeentnahme, die Ischämiezeiten und die Art und Weise, wie das Gewebe nach Erhalt durch den HTR-TA verarbeitet wurde.

Derzeit beherbergt das HTR-TA mehr als 60,000 Bioproben, darunter mehr als 20,000 gefrorene und mehr als 17,000 FFPE-Bioproben sowie mehr als 7,000 Blutproben (Vollblut, Serum, Plasma und sowohl gefrorene als auch kryokonservierte Zellen).

Die HTR-TA-Gewebesammlung spiegelt die Populationen im Einzugsgebiet des UNMCCC wider.

Zusammenfassung der gemeinsam genutzten Ressourcendienste von HTR-TA für Zuschussanträge

Die gemeinsam genutzte Ressource „Human Tissue Repository and Tissue Analysis“ (HTR-TA) verfügt über die Fähigkeit, zahlreiche Techniken anzuwenden und bietet eine Vielzahl von Dienstleistungen auf Gebührenbasis an.

Die gemeinsam genutzte Ressource HTR-TA sammelt passendes Normal- und Tumorgewebe, hauptsächlich aus übrig gebliebenen Operationsproben, und lagert es entweder gefroren oder als formalinfixierte, in Paraffin eingebettete (FFPE) Blöcke. Forscher können das Gewebe anfordern, wobei die Genehmigung des IRB (Human Research Protections Office) und des Scientific Review Committee (SRC) erforderlich ist.

Die gemeinsam genutzte Ressource HTR-TA kann auch eine Reihe verschiedener histologischer und molekularer Dienste bereitstellen, wie z. B. Sektionierung und H&E-Färbung, Immunhistochemie und Immunfluoreszenz mithilfe der Ventana Discovery Ultra-Plattform, Erstellung benutzerdefinierter Tissue Microarrays (TMAs), Objektträgerdigitalisierung (Hellfeld) über Aperio AT2 und Bildanalyse mithilfe der HALO™-Plattform (von Indica Labs, Hauptsitz in Albuquerque, NM).

Es stehen verschiedene Arten der Blutverarbeitung zur Verfügung, einschließlich der Leistung von Zellzahl und Lebensfähigkeit über das Nexelom Cellometer 1000.

Manche Forscher benötigen speziell vorbereitete Proben oder haben spezifische Anforderungen. Für diese genehmigten Studien sammelt das HTR-TA-Personal die Proben und bearbeitet sie individuell nach den Bedürfnissen der Forscher. Ein Machbarkeitsgespräch sollte mit dem technischen Leiter vereinbart werden, um die gewünschten Leistungen zu besprechen.

Um die Nutzung dieser freigegebenen Ressource zu bestätigen, fügen Sie bitte Folgendes in Ihre Veröffentlichungen ein:

Diese Forschung wurde teilweise durch den UNM Comprehensive Cancer Center Support Grant NCI P30CA118100 gefördert und nutzte die Human Tissue Repository & Tissue Analysis Shared Resource, die zusätzliche Unterstützung von der Abteilung für Pathologie der University of New Mexico School of Medicine erhält.

Kontakt HTR-TA gemeinsame Ressource

Telefon: (505) 272-1127
E-Mail: gewebebank@salud.unm.edu
Fitz Hall Räume 306B und 306C
UNM HSC School of Medicine
Abteilung für Pathologie
MSC 08-4640
915 Camino de Salud, NE
Albuquerque, NM 87131

Repository-Standards und Akkreditierung

An der gemeinsamen Ressource UNM HTR-TA verpflichten wir uns zur Einhaltung höchster Standards im Bioprobenmanagement, der Qualitätssicherung und der ethischen Kontrolle. Unsere Arbeit folgt strengen Richtlinien und Best Practices führender nationaler und internationaler Organisationen:

  • Nationales Krebsinstitut (NCI) – Zweigstelle für Biorepositorien und Bioprobenforschung (BBRB)
    Wir halten uns an die BBRBs Best Practices für Bioprobenressourcen, die umfassende Leitlinien zur Sammlung, Verarbeitung, Lagerung und Verteilung von Bioproben bieten, um Konsistenz und wissenschaftliche Integrität zu gewährleisten.
    https://biospecimens.cancer.gov/default.asp
  • Internationale Gesellschaft für biologische und ökologische Endlagerstätten (ISBER)
    HTR richtet sich nach der ISBER Best Practices für Repositories, ein international anerkannter Rahmen für die Verwaltung und Steuerung von Biorepositorien zur Unterstützung der Forschung in den Bio- und Umweltwissenschaften.
    https://www.isber.org/page/BPR
  • College of American Pathologists (CAP) – Biorepository-Akkreditierungsprogramm
    HTR ist stolz auf die Akkreditierung durch das CAP im Rahmen des Biorepository Accreditation Program, das unsere Einhaltung branchenführender Standards hinsichtlich der Qualität, Rückverfolgbarkeit und operativen Exzellenz von Bioproben bestätigt.
    https://www.cap.org/laboratory-improvement/accreditation/biorepository-accreditation-program

Diese Standards stellen sicher, dass unsere Bioproben und Dienstleistungen qualitativ hochwertige, reproduzierbare Forschung unterstützen und einen bedeutenden Beitrag zu Fortschritten in der Krebsforschung und Patientenversorgung leisten.

HTR-TA gemeinsame Ressource Personal

joste-nancy-cc.jpgNancy Joste, MD

Professor und Vorsitzender, Abteilung für Pathologie

Ärztlicher Direktor

Überwacht Qualitätskontrollaspekte der Ressource

Cathleen Martinez, PDCathleen Martinez PA

Technical Manager

Beaufsichtigt die technischen Aspekte der Ressource

Fred Schultz, M.AFred Schultz, M.A

Informatik-Management

Dienstleistungen für Histologie und Molekularpathologie

Gewebeverarbeitung und Paraffineinbettung und Paraffinschnitte sowie Schockgefrieren von Gewebe und Gefrierschnitte. H&E-Färbung auf Paraffin- und Gefrierschnitten.

Das Labor kann Gewebeschnitte mit Standard-Antikörpern unter Verwendung bereits vorhandener Protokolle färben. Alternativ kann das Labor Antikörper mit der VENTANA DISCOVERY-Plattform aufarbeiten, die mehrere Färbekombinationen ermöglicht, um die Färbeergebnisse zu optimieren.

HER-2 und ER Bild
Doppelfärbung für HER-2 und ER
HTR-Gewebe-Microarrays - e-Cadherin

Gewebe-Microarray-Design und -Konstruktion: Dies beinhaltet das Sammeln von Spender-Paraffinblöcken, das Auswählen der interessierenden Bereiche zum Kernen und das Platzieren der Kerne in einem leeren Empfänger-Paraffinblock. Die Vorteile liegen in Geschwindigkeit und Kosten, da mehrere Proben auf einem Objektträger beurteilt werden können. Der typische TMA enthält ungefähr 50 bis 200 Kerne mit einem Durchmesser von 0.6 mm bis 2.0 mm. Etwa 50 Schnitte können von einem TMA-Block erhalten werden.

 

(rechts: E-Cadherin)

Das gemeinsam genutzte Ressourcenpersonal von HTR-TA kann archivierte Gewebeblöcke vom UNM-Krankenhaus abrufen.

Dies umfasst in der Regel die Entnahme von überschüssigem oder verbliebenem Gewebe, das nach der chirurgischen Resektion übrig geblieben ist, nachdem diagnostische Proben für die mikroskopische Untersuchung durch den Pathologen entnommen und ausreichend Proben in Paraffin für mögliche spätere Untersuchungen zur Patientenversorgung aufbewahrt wurden. Das Personal der HTR-TA-Gemeinschaftsressource entnimmt das Gewebe im Sektionsraum der Chirurgischen Pathologie des UNM HSC. Derzeit führt die HTR-TA-Gemeinschaftsressource keine Venenpunktionen durch, lagert aber Proben auf Anfrage von Forschern.

 HTR-TA-Projektberater für gemeinsam genutzte Ressourcen können pathologische und klinische Daten sammeln, die von HIPAA-Kennungen befreit und gleichzeitig mit passenden Proben codiert sind.

Bildanalyse

Bilder von H&E- oder immunhistochemisch gefärbten Gewebeschnitten werden mit dem Digitalscanner Leica AT2 erfasst und in die Bildgebungs- und Annotationssoftware HALO hochgeladen.

Mit der HALO-Software können Sie das Gewebe (Tumor, Stroma, Muskel, Fett usw.) mit Anmerkungen versehen und dann Zellen zählen, die für das Protein Ihrer Wahl (Abbildung rechts) in jeder dieser annotierten Regionen positiv sind. Es ermöglicht Ihnen auch, die Wechselwirkungen der nächsten Nachbarn zu analysieren und zu quantifizieren.

Die Software enthält ein Werkzeug zum Erstellen von Figuren, mit dem Fotos von Bildern mit mehreren Feldern in Veröffentlichungsformaten einschließlich Referenzrahmen und Maßstabsleiste erstellt werden können

Quantitative Ergebnisse Bild

Diese Abbildung zeigt die Quantifizierung der Färbung für Ki67 bei Brustkrebs. Die obere linke Tafel zeigt die Gewebe-Mikroarray-Probe, die mittlere Tafel zeigt die Ki67-Färbung (braun) ohne HALO-Markup und die rechte Tafel zeigt dasselbe Bild mit HALO-Markup.

Das Markup zeigt eine geringe Färbung (gelb), eine mäßige Färbung (braun) und eine hohe Konzentration (rot) von Ki67 im Zellkern von Tumorzellen. Blaufärbung sind Zellen, die für Ki67 negativ sind. Die Software kann die Ki67-Färbung im Stoma des Tumors unabhängig zählen.

Die Tabelle zeigt eine Ablesung der Anzahl und des Prozentsatzes der Zellen in jeder Färbekategorie und das Histogramm zeigt die Verteilung der Färbung.

So beantragen Sie Proben

Kontakt Cathy Martínez planen.

Eröffnen Sie Ihr Konto in iLab:

  1. Navigieren Sie zu der iLabs-Anmeldeseite.
  2. Wählen Sie in der oberen rechten Ecke des Bildschirms Registrieren
  3. Füllen Sie das Registrierungsformular auf der Anmeldeseite aus.
  4. Erhalten Sie eine Willkommens-E-Mail von iLab mit Zugangsdaten und Anweisungen

Anfordern von Diensten in iLab:

  1. Erstellen Sie eine Bestellanforderung (PR) über Ihre Abteilung. Senden Sie die PR per E-Mail an Palakshi Reddy Bandapalli Bitten Sie darum, dass es unter Ihrem Labor im iLab-System hinzugefügt wird.
  2. Gehen Sie zum iLabs-Login
  3. Geben Sie oben rechts auf dieser Seite Ihren Benutzernamen und Ihr Passwort ein.
  4. Klicken Sie unter der Registerkarte „Dienste anfordern“ auf „Anfrage einleiten“.
  5. Füllen Sie das Formular aus und geben Sie Zahlungsinformationen für Ihre Anfrage an, bevor Sie die Anfrage an die gemeinsam genutzte Ressource HTR-TA senden.
    1. Stellen Sie sicher, dass Projekttitel und SRC/HRRC/IACUC-Nummern mit denen in Ihren Genehmigungsschreiben übereinstimmen.
    2. Geben Sie unter jeder Kategorie von Diensten die gewünschte Nummer ein und klicken Sie auf die Registerkarte „Ausgewählte Dienste hinzufügen“. Dienste werden am Ende des Formulars hinzugefügt.
    3. Verwenden Sie das Feld „Zusätzliche Informationen“, um alle wichtigen Details hinzuzufügen und alle relevanten Dokumente, wie beispielsweise eine Musterliste oder eine Orientierungsbeschreibung, anzuhängen/hochzuladen.
  6. Die Anfragen werden von der HTR-TA-Ressource geprüft. Diese nimmt alle notwendigen Änderungen vor und sendet sie Ihnen zur Genehmigung zurück. Sie erhalten von iLab eine E-Mail zu Ihrer aktualisierten Projektanfrage.
So verwenden Sie zuvor gelagerte Proben:
  1. Reichen Sie Ihren Vorschlag beim Scientific Review Committee (SRC) ein. Kontakt Ernestine Armijo zur Orientierung in diesem Prozess.
  2. Füllen Sie den SRC-Antrag (HRP-224) mit allen erforderlichen Unterschriften aus und senden Sie ihn an das SRC.
  3. Sobald der SRC Ihren Vorschlag genehmigt hat, reichen Sie den Genehmigungsbrief mit Ihrer Bewerbung bei der UNM ein Human Research Review Committee (HRRC) Institutional Review Board (IRB).

So navigieren Sie durch den IRB-Antragsprozess:

  1. Klicken Sie unter dem obigen Link unten auf der Seite auf die Schaltfläche „irb.health.unm.edu“.
  2. Klicken Sie oben auf dem Bildschirm auf die Registerkarte IRB
  3. Klicken Sie links auf die Schaltfläche „Neue Studie erstellen“
  4. Füllen Sie das Formular aus
  5. Klicken Sie bei Frage Nr. 7 auf den Link „IRB-Bibliothek“ und wählen Sie das entsprechende Protokoll für Ihre Studie aus.
    1. Wenn für Ihre Studie nur anonymisierte Materialien erforderlich sind, wählen Sie das Protokoll der Kategorie 4 (Ausnahme: Ausnahmen) (HRP-582). *Hinweis: Für anonymisierte Abfallgewebe ist möglicherweise keine Einwilligung erforderlich.
    2. Wenn Ihre Studie keine Informationen über lebende Personen erfordert, wählen Sie Nonhuman Subject Research (HRP-585)
    3. Sie können eine beschleunigte Einreichung beantragen, wenn Ihre Studie nur Proben umfasst, die ausschließlich zu Nicht-Forschungszwecken gesammelt wurden (z. B. medizinische Behandlung und Diagnose).
  6. Wenn Sie Hilfe beim Navigieren im IRB-Antragsprozess oder bei der Ermittlung des Protokolls benötigen, das Ihren Projektanforderungen am besten entspricht, wenden Sie sich bitte an Kontakt Ernestine Armijo falls Sie Unterstützung benötigen.

Nach der Genehmigung durch das HRRC reichen Sie über iLab eine Gewebeanforderung bei der HTR-TA-Freigabe ein. Sie müssen Ihre SRC- und IRB-Genehmigungsschreiben hochladen und eine aktive Bestellanforderung (PR) einreichen.

Navigation in iLab:

  1. Navigieren https://my.ilabsolutions.com/service_center/show_external/3041.
  2. Wählen Sie in der oberen rechten Ecke des Bildschirms „Registrieren“ aus.
  3. Füllen Sie das Registrierungsformular aus.
  4. Erhalten Sie eine Willkommens-E-Mail von iLab mit Anmeldeinformationen und Anweisungen.

Beantragung von Leistungen im iLab:

  1. Senden Sie eine Bestellanforderung (PR) an Palakshi Bandapalli Fordern Sie an, dass es Ihrem iLab-Konto zur Verwendung für HTR-Dienste hinzugefügt wird.
  2. Gehe zu https://my.ilabsolutions.com/service_center/show_external/3041.
  3. Klicken Sie oben rechts auf der Seite auf „Anmelden“ und geben Sie Benutzernamen und Passwort ein.
  4. Klicken Sie auf der Registerkarte „Service Requests“ neben „Human Tissue Repository & Tissue Analysis Share Resources Service Request“ auf „Anfrage starten“.
  5. Füllen Sie das Formular aus, laden Sie die entsprechenden Genehmigungsschreiben von SRC/IRB/IACUC hoch und wählen Sie die PR-Nummer aus dem Dropdown-Menü. Klicken Sie auf „Anfrage senden“.
  6. Der Status der Anfrage wird vom HTR geprüft. Erforderliche Änderungen werden vorgenommen und zur Genehmigung zurückgesendet.
  7. E-Mails von iLab geben den Projektstatus weiter.
  1. Kontaktieren Sie die gemeinsam genutzte Ressource HTR-TA für eine Planungs-/Machbarkeitssitzung.
  2. Reichen Sie Ihren Vorschlag beim Scientific Review Committee (SRC) ein. Kontakt Ernestine Armijo um eine Anleitung zu diesem Prozess zu erhalten.
  3. Sobald das SRC Ihren Vorschlag genehmigt hat, senden Sie den Genehmigungsbrief mit Ihrer Bewerbung an das Institutional Review Board (IRB) des Human Research Review Committee (HRRC) der UNM (siehe Anweisungen oben).
  4. Kontaktieren Sie die gemeinsam genutzte Ressource HTR-TA für eine zusätzliche Planungssitzung (normalerweise erforderlich, um Einzelheiten des Prozesses zu klären). Bei diesem Treffen wird die Genehmigung des Abteilungsleiters für chirurgische Pathologie eingeholt, um die Verfügbarkeit der Proben sicherzustellen und gleichzeitig die Einhaltung nationaler Laborvorschriften und die beste Patientenversorgung zu gewährleisten.
  5. Wenn Sie nach Abschluss Ihrer Untersuchung noch Gewebe übrig haben, müssen Sie es an die gemeinsame Ressource HTR-TA zurückgeben.
  1. Sie müssen die Genehmigung des lokalen Human Research Review Committee einholen, wenn ein Teil des entnommenen Gewebes potenziell für Forschungszwecke verwendet werden kann.
  2. Der Abteilungsleiter für chirurgische Pathologie oder sein Beauftragter muss die Methode der Probenentnahme genehmigen, um sicherzustellen, dass ausreichend repräsentatives Gewebe für die klinische Versorgung erhalten bleibt

Lagerbestand

Standort der gesammelten Gewebe

(Enthält Archivgewebe von UNM und eine prospektive Sammlung für Forscher für spezifische Studien.)

  • Blase, Blut, Knochen, Knochenmark, Gehirn, Brust
  • Brustwand, Kolorektal
  • Membran
  • Gallenblase
  • Kopf und Hals
  • Niere
  • Leber, Lunge, Lymphknoten
  • Mediastinum
  • Omentum, Eierstock
  • Bauchspeicheldrüse, Penis, Bauchfell, Prostata
  • Speichel, Speicheldrüse, Haut, Dünndarm, Weichteilgewebe, Milz, Magen
  • Hoden, Thymus, Schilddrüse
  • Gebärmutter und Gebärmutterhals
  • Scheide/Vulva

Kontaktieren Sie uns für aktuelle Preise und eine aktualisierte Liste optimierter Antikörper.

Erweitertes Brustkrebsregister (EBCR)

Dies ist eine komplizierte Gewebeentnahme, die aus über 400 eingewilligten Patienten mit mehreren Zeitpunkten und Gewebearten besteht. Bei jedem Patienten wurden gesammelt:

  • Maximal 5 Serum-Aliquots/Teilnehmer/Sammlung (wie Baseline oder FUP-Zeit)
  • Maximal 10 Plasma-Aliquots/Teilnehmer/Sammlung
  • 10 DNA-Aliquots aus Vollblut/Teilnehmer/Sammlung
  • Maximal 2 DNA-Aliquots aus Mundwasser oder Tupfer/Teilnehmer/Sammlung
  • Brustgewebe (Feinnadelaspirate, Fläschchen und OCT-Formen) - alle Fälle sind unterschiedlich.

Bitte kontaktieren Sie uns, wenn Sie Probleme im Zusammenhang mit dieser Website haben oder Kontaktieren Sie die gemeinsame Ressource HTR-TA für eine detailliertere Abfrage dieses Datensatzes.