Wichtige Dienstleistungen, Technologien und Ausrüstung
Hochdurchsatz-DNA-Seq und RNA-Seq. ATG bietet Gesamtgenomsequenzierung, Bulk-RNA-Sequenzierung, ChIP-Sequenzierung, RIP-Sequenzierung, Exom- und kleine RNA-Analyse mit dem Singular Genomics G4-Sequenzierer an. Als Ausgangsmaterial kommen Zellen, Speichel, Blut und FFPE- oder frisch gefrorene pathologische Proben infrage.
10x Genomische Einzelzellsequenzierung. Mithilfe des 10x Genomics Chromium-Controllers zusammen mit einem Countess II Automated Cell Counter und einem Miltenyi gentleMACS Octo Dissociator zur Herstellung von Einzelzellsuspensionen bereiten die Mitarbeiter von ATG die Proben vor und erstellen die NGS-Bibliotheken für NGS von DNA und RNA.
10x Visium-HD und Xenium in situ für die Analyse des gesamten Transkriptoms und der gezielten Genexpression. In Zusammenarbeit mit der Human Tissue Repository & Tissue Analysis (HTR-TA) Shared Resource bietet das ATG räumliche Gesamttranskriptomanalysen von frisch gefrorenem und FFPE-Gewebe mithilfe der räumlichen Genexpressionsverfahren Visium-HD und Xenium in situ von 10x Genomics an. Die räumliche Genexpression von Visium HD beschreibt das vollständige Transkriptom ganzer Gewebeschnitte und bietet morphologischen Kontext und eine hohe zelluläre Auflösung. Xenium in situ ermöglicht die subzelluläre Hochdurchsatzkartierung von bis zu 5,000 Genen neben Multiplexproteinen innerhalb desselben Gewebesegments, die in Zusammenarbeit mit dem HTR-TA zur Probenvorbereitung gewonnen wurden.
NGS-Datenanalyse, scRNA-seq und Interaktionen mit den gemeinsam genutzten Ressourcen für Biostatistik und Bioinformatik & Datenwissenschaft (BDS). Die ATG koordiniert mit den gemeinsamen Ressourcen der Biostatistik und des BDS die Erstellung von Qualitätskontrollanalysen und die Entwicklung von Datenanalyse-Pipelines für die G4-Singular-Daten, einschließlich der Erkennung von Einzelnukleotidvarianten (SNV) aus DNA-Proben, Genexpressionsanalyse, Variantenanalyse aus RNA, scRNA-Sequenzdaten, Erkennung von Fusionstranskripten aus RNA-Sequenzdaten und Kopienzahlvarianten (CNV). Die verarbeiteten Dateien werden in unserem sicheren AWS-Cloud-Konto gespeichert und von ATG-Mitarbeitern oder dem BDS mithilfe angepasster R-Skripte für nachgelagerte Analysen verwendet. ATG-Technikdirektor Brayer fungiert als leitender Bioinformatiker und Verbindungsmann zu den gemeinsamen Ressourcen der Biostatistik und des BDS, um Studiendesign und Datenanalyse zu unterstützen.
Datenspeicherung und Datenverarbeitung. Die ATG unterhält ein sicheres, HIPAA-konformes und IRB-geprüftes AWS-Konto, auf dem große Datensätze gespeichert und analysiert werden können. Alle Daten werden anonymisiert, während der Übertragung verschlüsselt und gespeichert. Nur autorisierte Benutzer haben Zugriff, wofür eine Zwei-Faktor-Authentifizierung erforderlich ist. Zur Sicherheit genomischer Daten hält sich die ATG an die Richtlinien der NIH Security Best Practices für Daten mit kontrolliertem Zugriff, vorbehaltlich der NIH-Richtlinie zur Weitergabe genomischer Daten.
Sonstige Dienstleistungen. Das ATG verfügt über einen Agilent BioAnalyzer, ein Qubit-Fluorometer, einen Miltenyi gentleMACs Octo Dissociator mit Heizgeräten (zur Erzeugung von Einzelzellsuspensionen aus Gewebe), einen Countess II Zellzähler und ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR, die den UNMCCC-Mitgliedern zur Verfügung stehen. Für die automatisierte Extraktion von Nukleinsäuren in großen Mengen steht ein Qiagen EZ2 DNA/RNA-Extraktionsroboter zur Verfügung.
Der Singular Genomics G4 Sequenzer
Das 10x Genomics Chromium iX
Der 10x Genomics Xenium Analyzer
Der 10x Genomics CytAssist
